工程质保金预留比例不高于结算总额的5%，也是出自《清理保证金通知》中的要求。《老办法》并未强制性要求工程质保金的预留比例，只是规定使用政府投资的建设项目按工程价款结算总额5%左右的比例预留保证金，社会投资项目可参照执行。实践中虽然大部分工程项目的质保金的预留比例未超过5%，但对于一些新型或风险较大的项目，发包人还是会预留较大比例的工程质保金，作为其项目的风险控制措施。
在当前竞争激烈的建筑施工行业，很多工程承包项目中承包人的净利润都达不到5%，预留过高的工程质保金无疑会让承包人承受过大的资金压力。并且，工程质保金本质上并不是保修费用，只是一种担保措施。为此，《办法》在限制工程质保金预留比例的同时，推行银行保函制度，规定承包人可以银行保函替代预留保证金，并规定保函金额不得高于工程价款结算总额的5%。此举将大大减少施工企业的资金占用和现金流压力，显著减轻施工企业负担。
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